公司治理体系，在这里可以理解为公司治理机制和公司治理结构。企业法律顾问发现，在完善公司治理体系中，可能会遭遇很多法律问题：
一、权力机构职能虚化
股东(大)会是公司的法定权力机构，负责选举和更换董事的操作，董事和监事会皆从属于股东(大)会，对其负责。在生活实践中，股东(大)会有的只是徒具虚名，只代表民主管理的象征意义和最高权力的形式意义，公司的实际权力在董事长控制下的董事会和经营管理者手中。特别是国有企业改造的股份制企业，股权方面常常是国有股一股独大，政府凭借大股东身份指派的董事会是凌驾在股东会之上的权力机构。
其次，我国法律没有规定股东(大)会有效召开的法定人数。对于普通决议和特别决议，所需的股东表决权数都被规定为“出席会议的股东所持表决权数”，而不受代表比例限制。
《公司法》(本文的《公司法》指的是05年修订版)虽然规定临时股东(大)会召开的情形和召开时间，但未曾规定股东的自行召集权，对董事会滥用权力，违法召开临时股东大会时应承担什么样的责任也未作规定，而且有关股东行使临时股东(大)会召集请求权的持股要件过于严苛。
《公司法》只规定“股东出席股东大会，所持每一股份有一表决权”，缺乏对中小股东行使权利的程序保障。
总之，《公司法》对于防止股东(大)会“流于形式”几乎没有任何贡献。同时，《公司法》对监事会职权的规定，对董事、经理等公司经营管理人员的监督，只有简单粗略的几条，缺乏应有的程序保障。对监事会监督检查的方式、程序也未作规定。发现问题如何制止、纠正未作说明，造成的损害如何救济，以及监事会怠职如何处理，追究责任等都语焉不详。倒是规定监事会可以提议召集股东(大)会，但是否召集则由董事会决定，监事会这一权力形同虚设。在国有股中，董事会、监事会都是国有股东指定的人员，谈何监督，监事会有名无实。
另外，立法上对股东(大)会和董事会的职权划分也有问题：《公司法》第103条第1款规定的股东(大)会可以“决定公司的经营方针和投资计划”，和第112条第3款中规定的董事会职权包括“决定公司的经营计划和投资方案”，明显重合;另外，股东(大)会、董事会、监事会的职权范围，都是以列举方式规定了多少项职权，实际上是不科学地限制，如对董事会规定了10项职权，，如果董事会行使明示条款之外的职权，便缺少法律依据。
二、经理层职权过大
《公司法》规定了股份公司可设立经理，并对经理的8项职权进行了细致列举。在规范的公司治理结构中，经理属于经营管理人员，经营管理人员履行职责的内容取决于董事会的授权，而不应由法律规定。
经理职权的法定化将导致经理层过大，造成董事职权的弱化，这是对董事会权力的倡导。另外在我国一些法律中虽对董事的权利义务作了相应的刑事责任规定，但现实中董事的责任意识依然淡薄。特别是国企向上市公司转变过渡中的公司治理结构中，首先董事的提名独立性差，都是地方政府负责，董事会开会之前先征求大股东、地方政府意见，重大决定也是根据他们的意见，董事会没有真正的独立性;其次关联交易众多，纵观我国上市公司从募集资金投资，配股到销售等都牵涉关联交易。
三、专权管理现象普遍
《公司法》规定：法定代表人由董事长一人担任。而董事长可以兼任公司经理。这一规定使得董事会权力、公司经营管理权力集于法定代表人于一身，容易形成个人专权，可能侵占公司财产和利益，直接损害股东利益。
如前所言，董事会的权力容易被经理层侵夺。董事长总经理一人兼任，董事长就可以集董事长行使董事会的部分职权。实际加强了董事长的权力。
四、有些规定缺乏操作性和可行性
企业法律顾问发现，《公司法》的许多规定在实践中很难操作。
如《公司法》规定设立监事会，但却没有规定监事是专职还是兼职，如何领取报酬。
另外监事的主要职能是财务监督和业务监督，这就要求监事人必须是财务和业务高手，增加了监事设立的难度。
再如，《公司法》对公司高层管理人员的民事侵权行为规定了“利益归****”(61条)、“职务违法赔偿制”(63条)，却没有明确主张民事索赔权的主体。还有，《公司法》有关股东对有瑕疵的股东(大)会决议寻求法律救济的权利规定得过于宽泛，且未对股东行使诉讼权利的条件和程序做出具体、明确的规定，缺乏可操作性。
实际上，大多数投资者均不知该怎么采取民事救济措施，从有关法律条文上也找不到明确的依据。如《公司法》第54条和第126条均规定监事会或监事的职权包括“当董事和经理的行为损害公司利益时，要求董事和经理予以归还”，却没有规定纠纷和制止上述行为的请求方式，更未规定诉讼方式，也未明确监事会或监事相应的起诉权。
又如第63条的“职务违法赔偿制”，既未规定追究责任主体，也没有追究的具体法律程序，更没有规定上述人员拒绝赔偿时可不可以请求法院判令赔偿，使相关条款的适应陷入窘境。
2013年12月，全国人大常委会对《公司法》做了修订，但并未完全解决以上四项问题。企业法律顾问认为，这些问题的彻底解决，有待社会各界更多的关注和重视。
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